军事组织是自成一体的大系统，改革涉及多种复杂因素。从一般规律看，军事改革的起点逻辑是基于能力和效率，过程逻辑是体制重构、体系重塑，结果逻辑是对资源和利益的再分配。从当前各国军事改革实践看，由于组织体系的惯性阻力、突破利益阻碍的艰难性、非战争环境的制约性、军事效果的难以测量性、体制固有的反弹性等因素影响，军事改革存在一系列内在逻辑困境，导致有的军事改革往往从良好意愿和起点出发，却中途偏离航向，甚至出现折向反转、重回老路的尴尬局面。

　　趋向同质化的方向性困境。军事改革也存在“多米诺效应”：一个国家军事率先转型成功，往往导致其他国家争相效仿。这就带来一个问题：军事上的同质化竞争。美国国防大学前校长奇尔科特将军曾指出：“未来就是方向，未来就是希望，对于一个民族、一个国家、一支军队来说，最可怕的就是对未来不清楚。”军事上追求“对称优势”是明智之举吗？从冷战看，美军最担心的是苏军搞不对称战略，美军最为顶尖的武器装备从来都不是苏军发展的重点。毫无疑问，当前美军转型已经遥遥领先。瑞典专家认为，在信息作战中，你必须处在领先地位，否则就得选其他解决办法。有人担心这场遍及全世界的新军事变革浪潮，仅仅是为“美国设计了一个在属于自己的棒球场上只有它自己可以玩的比赛”。美军之所以没有再在新军事变革上发出更多声音，是因为他们希望后发国家军队在传统发展道路上加大投入，继续追赶。在技术上已经远远领先的美军，与其比别人跑得更快，倒不如诱导别人跑错路。模式不是万能的，而每个国家军队面临的使命都是独特的。现在许多国家从一个极端走向另一个极端，以前是拼命抵制西方，而现在则是跑去拥抱西方思想，而根本不去真正考虑它应该接受什么，代价又是什么。应该知道，所有已经存在的，都已过时；只有在创造未来这一点上，大家处于同一水平线。

　　“拿刀割自己肉”的主体性困境。改革就是拿刀割自己的肉。这无论从情感还是从道德上都会陷入这样的困境：割自己的肉下不了手，割别人的肉不忍下手。军事组织由于独立性、专业性与保守性等特点，“拿刀割自己肉”的困境更加突出。美国社会学家简诺威茨认为，军队是一种高度官僚化的组织，经常关注的是其独特生活方式和动作常规的永存。北约军事专家认为，对于防务机构（军队）而言，只要影响到其地位、职能和身在其中的人们的工作时，它们会拒绝做出任何改变。事实上，我们并不能指望身处危机当中的人会为了推动革命性的变革而大声说出于己不利的观点、威胁自身生存的决策。从现实情况看，各国由军队自己主导的改革，要么会尽量扩大现实威胁，以阻止改革进行；要么迫于政治压力，转而谋求有利于自身的改革措施，甚至使割肉变成增肉；要么“拆东墙补西墙”，导致头越改越大、身子越改越小。美军在拉姆斯菲尔德主导下推进改革，曾成立十几个称作“战略审查小组”的外部工作组，刻意避开军方干扰，但最终还是没有成功。