明朝建立后，明太祖朱元璋为维护自身政权的合法性，仿古代帝王为前朝修史，以表明元统已亡，明承天命绍之。从朱元璋起，明朝廷便树立遵奉元统的史观，成祖、宣宗等皆克绍箕裘。正统十四年（1449），瓦剌寇边，明军在土木堡惨败，英宗被俘。“土木之变”成为明朝元史观的转折点，此后官方敕撰著作不断挞伐元统，私人撰述也以族群之别斥责元朝。嘉靖二十四年（1545），明朝最终将元世祖之祀剔除。明代在元统论争上之所以经历了由认同到否定的过程，严重的边患局势以及官方和士人的反应是其主要原因。

　　明初确立遵奉元统的史观

　　朱元璋建立全国性的统一政权后，对政权的合法缵承日益重视。元统问题牵涉到元末遗臣与天下人心所向，明政权的合法缵承又关系到政权巩固与天下安定。因此，朱元璋一方面力主遵奉元统，对元朝表现出极高的尊崇；另一方面，为胜国修史，表明元统已亡，明缵而绍之。

　　首先，力主元入中国为天命所归。早在1367年出兵北伐时，朱元璋就在《谕中原檄》中宣称：“自宋祚倾移，元以北狄入主中国，四海以内，罔不臣服，此岂人力，实乃天授。”此论虽是为抨击元政作铺垫，但其中蕴积着朱元璋的更深层用心，檄文结尾之处将这种用意道明，“蒙古、色目虽非华夏族类……愿为臣民者，与华夏之人抚养无异”。朱元璋积极认同元统的目的，在于论证明朝政权的合法性，并劝谕元代遗族归降。洪武六年（1373）八月，朱元璋将元世祖入祀，“作历代帝王庙于京师……右奉汉高祖、唐高祖、宋太祖、元世祖”，并于同年十一月“命于北平立元世祖庙”。在帝庙祭祀中明确元世祖之位，既是对元世祖功绩的认可，也是对元朝正统地位的认同。

　　其次，仿古代帝王为胜国修史。在朱元璋看来，“自古有天下国家者，行事见于当时，是非公于后世。故一代之兴衰，必有一代之史以载之”。明开国后，他便诏告敕修《元史》，命宋濂、王祎总裁修撰，仅历331天便告成，成书速度之快居历代史书修撰之首，清人钱大昕称“古今史成之速，未有如《元史》者”。朱元璋之所以如此急于为元朝修史，蕴含着明确的政治动因，即表明元统已亡，明承天命绍之，从而在法理上证明北元政权乃逆天命而为。

　　明成祖朱棣对其父力主元统之说极力秉持，并反对过分强调“华夷之辨”。永乐二年（1404）四月，朱棣曾在招抚瓦剌首领时，宣称“夫天下一统，华夷一家，何有彼此之间？”在“华夷一家”观点指导下，他对残元势力极力示好，并对前来投附的蒙古人表示出极大信任，甚至直接任以要职。这必然引起那些秉奉“夷夏之辨”的传统士人的反对。永乐十年十一月，洮州卫所镇抚陈恭上疏称：“玄宗几丧唐室，徽钦几绝宋祚，夷狄之患，可为明鉴。”成祖却以历代史实予以驳斥，“春秋之法，夷而入于中国则中国之”。朱棣并没有故意以“夷夏之防”之谓贬低元朝，而是指陈其不当区别人等。宣德八年（1433）四月，明宣宗忆起当年明成祖的教谕，称“此古轩辕所都，而后来赵宋之疆境也，宋弗良于行，金取而都之，金又弗良，元取而都之，元之后裔不存殷鉴，加弗良焉”。从明宣宗的追述中可以看出，明成祖朱棣曾以继承宋、金、元自居，明确表示明乃是继承元统。同时，明宣宗之所以追述明成祖的教谕，也可以反映宣宗对元统的认同。