对《水经注》的系统研究肇兴于明代，刊刻、校勘、赏析之作先后出现，并逐渐形成一种专门之学——“郦学”。现今最早的明刻本为嘉靖十三年（1534）黄省曾刊刻的《水经注》。不过，黄本虽然自称以宋本为底本，但是这个底本的质量并不高，尽管如此，黄本的刊行终究便利了学者们对《水经注》的探究，其意义不可小觑。

　　北魏郦道元所撰《水经注》，最早的官方记载见于《隋书·经籍志》。在隋至北宋的一些类书与地理总志中，也可以见到征引《水经注》的文字。至北宋景祐年间（1034-1038），原本四十卷本的《水经注》出现了散佚，仅存三十五卷。

　　雕版印刷出现之后，《水经注》复有刊刻本流行。迄今已知最早的刻本，为北宋中期的成都府学宫刊本。而现存最早的刻本，仅存七册、十二卷，习惯上称为“残宋本”（今藏中国国家图书馆）。由书中的避讳字“桓”、“構”，可大体判断刊刻于南宋初期。残宋本虽然在字数上尚不及全书的三分之一，但最大的价值在于提供了辨认宋刻本《水经注》的可靠标准。

　　降至明代，在《水经注》版本流传方面形成了两大系统，一为古本系统，一为今本系统。所谓古本，即刊刻、抄写时以保留宋本（或影宋本）行款（个别版本除外）与文本原貌为准则，即使底本有明显讹误，亦不作改动，尚不涉及校勘研究的版本。《永乐大典》本、朱希祖藏明钞本、瞿氏铁琴铜剑楼藏明钞本、冯舒校明钞本、韩应陛藏明钞本、陈揆藏明钞本等皆属古本系统。所谓今本，即已经对底本进行研究、校改的版本。自明代最早的刊刻本《水经注》黄省曾刊本以降的诸明、清刻本，皆属今本系统。

　　对《水经注》的系统研究肇兴于明代，刊刻、校勘、赏析之作先后出现，并逐渐形成一种专门之学——“郦学”。现今最早的明刻本为嘉靖十三年（1534）黄省曾刊刻的《水经注》（以下简称“黄本”），一方面全仿宋本的行款，包括字体都与今天看到的残宋本类似。另一方面，黄本已经开始对郦注文字略作校勘。不过，需要指出的是，黄本虽然自称以宋本为底本，但是这个底本的质量并不高，其中没有郦道元原序、卷十八文字中缺了一整叶四百多字等，即可窥知。

　　尽管如此，黄本的刊行终究便利了学者们对《水经注》的探究，其意义不可小觑。万历十三年（1585），吴琯校刊的《水经注》（以下简称“吴本”）即是在黄本基础之上对郦注文字和错简所做进一步订正后的新版本。不过，对郦书真正有突破性研究贡献的，当属万历四十三年（1615）朱谋 撰写的《水经注笺》。该书以吴本为底本，在校订上颇下了一番功夫。