在日本的历史研究中，所谓的实证主义最为盛行。早在明治维新之时，日本就从西方引入了兰克的实证主义史学，此后逐步发展成为学界的圭臬。可以说，“实证主义史学的方法是明治以来的主流”。实证，简而言之，就是“根据事实来进行论证”，而事实，则是通过史料来呈现的。显然，作为一种研究方法，实证主义是理所当然的：历史学建立在史实的基础之上，对历史事实的挖掘和考证是历史学的第一步，也是基础性的一步。

　　实证主义曾经是日本学者引以为傲的资本。然而，随着时间的流逝，从近现代日本历史研究的实情来看，实证主义已是气息奄奄，举步维艰，俨然成了日本历史学界的尴尬和难堪。总体上看，在日本的历史研究，尤其是近现代史研究中，实证主义遭遇到了三重困境，或者说三重障碍，并由此表现出没落的迹象。

　　困境一：禁地难入

　　在日本近代历史上，学术研究受到重重限制，学术自由只是一句空话。其中一些领域是学者研究的禁忌，如日本皇室的历史。因此，关于日本的早期历史就被包裹在重重迷雾之中，神话、传说被当作客观存在的史实，成为统治阶级借以愚弄民众的工具。

　　近些年来，在日本近现代史研究中，也出现了类似的现象和氛围。也就是说，在研究中正在或者已经形成了一片禁地，令研究者望而却步。20世纪末，一些重大的历史问题，如南京大屠杀问题、“731”细菌部队问题、慰安妇问题、强制劳工问题等等，在日本学界和社会引起了巨大的争论。十分吊诡和遗憾的是，通过争论，不仅没有在这些显而易见的问题上达成共识，反而使这些研究领域渐渐成了学术的禁地。时至今日，很少有学者敢于将实证主义精神运用在这些领域的研究中。在为数众多的各种专业历史学杂志、著作中，有关的研究不能说没有，但数量很小，和其重要性完全不成比例。为什么会出现这样的结果？难道学术争论不是愈辩愈明吗？

　　显然，在这个过程中，并不是学术争论取得了最终的结论，从而使一方偃旗息鼓，而是学术研究遭到了政治力量的蛮横干预。国家权力的打压，右翼势力的恫吓，逐步营造出一种氛围：真正的学术远离和退却，而虚幻的国家自豪感则堂而皇之地回归到历史叙述和研究之中。

　　一些日本学者一直标榜学术对于政治的独立性。然而，偏偏在上述问题上，学术问题关系到政治问题，甚至可以说，学术问题就是政治问题。在这种背景之下，不同的学者走上了不同的道路。我们看到，一些学者走上了一条艰辛的道路，既追求学术的真理，也追求政治的公正。不过，也有一些学者退缩了。他们将引起争论的学术问题视为政治问题。于是，本着所谓的学术独立于政治的原则，他们就为自己游离于这些研究课题之外提供了很好的借口。不仅如此，他们还制造舆论，逐步营造出阻挠其他学者从事这方面研究的氛围。

　　作为一名学者，笠原十九司对相关的学术问题持比较客观公正的立场，并积极发表意见来影响普通大众。不过，笠原个人的境遇却反映了学术界的现实。在历史研究者中间，他被贴上了市民运动派的标签。也就是说，一些学者暗示，笠原的研究不是学问，而是带有政治运动性质的，因而学术价值很低。这些学者认定，学者应该和政治运动、社会运动保持距离，采取“中立的、非政治”的立场。应该说，笠原的遭遇是具有相当代表性的。

　　从20世纪90年代初期开始，关于日军“慰安妇”等战争犯罪的调查研究取得了进展。可是，在这种背景下，历史学研究会（日本国内历史研究的重要团体之一），“一贯漠视慰安妇问题。不仅是慰安妇问题，关于战争犯罪、战争责任问题，他们几乎都视而不见”。这表明，日本的一些研究者对一些重大的学术问题，不是选择探明真相、寻找正确的应对之策，而是选择逃避。

　　学者提倡学术的独立性，这本来无可厚非，学术研究也需要这样的环境和条件。问题在于，当政治力量野蛮地干涉其独立的学术研究的时候，一些学者无心恋战，随便应付一下，便缴械投降，之后还自欺欺人地说，自己不做和政治有关的学术。只要是国家不同意的说法，只要是引起争论的话题，他们就将其抛入政治问题的领域，从而推卸了自己的责任。这是一种典型的鸵鸟政策。只是，这样步步退却，最终丢掉的将是自身的存在价值。在这些重大的学术问题上，实证主义正可以发挥自己的特长，为社会还原历史的真实，有一说一，有二说二，不隐瞒，不护短，直面本民族的错误和弱点，从而发挥“以史为鉴”的作用。可是，在虚幻的民族自尊心的威慑之下，实证主义悄悄地后退，为日本篡改历史、歪曲历史的行径让出了舞台。